A estória de Samurai X começa no século 19, no ano de 1864 para ser exato, uma época violenta marcada por batalhas sangrentas, onde o governo imperial do Japão está recuperando sua autoridade perdida após anos de regime militar, e isto está desencadeando muitas revoltas por todo o país, principalmente lideradas pelos antigos senhores feudais. Para conter essas revoluções, o novo governo (do Imperador Meiji) está contratando samurais para servirem de assassinos profissionais. É aí que entra Kenshin Himura, o mais temido samurai a serviço do governo, unindo-se ao Imperador na terrível guerra civil. Kenshin também é conhecido como Batousai (o Retalhador). Após ter matado muita gente a mando do Imperador e ter perdido sua esposa, Kenshin decide largar o cargo de assassino e se torna um andarilho.

Ele caminha Japão à dentro, fazendo o bem e protegendo os necessitados e oprimidos com sua espada. Mas devido a uma lei estabelecida na época, que proibia o porte de espadas, exceto por soldados, policiais e assassinos do governo, Kenshin teve uma grande idéia para não sair da lei: ele usa uma espada com a lâmina invertida, ou seja, com o fio de corte voltada para ele mesmo. Se por acaso em uma luta ele errasse algum de seus rápidos movimentos, poderia se ferir com a própria espada. Com isso, seus inimigos não eram todos picotados, mas tomavam muitos golpes de impacto que deixavam hematomas por todo o corpo. Kenshin estava cansado de tantas mortes e só queria proteger os inocentes.

Depois de 10 anos como andarilho, Kenshin conhece Kaoro Kamiya, dona de um dojo. A moça, de 18 anos, logo fica apaixonada pelo rapaz e o acolhe em sua casa. Outros que entram para o grupo são Yahiko Miyojin, um garoto com uma forte determinação e Sanosuke Sagara, que se torna grande amigo de Kenshin. A fama de Kenshin por ser muito grande, atrai muitos desafiadores querendo testar sua força, mas logo um grande inimigo aparece, um conquistador a fim de controlar o Japão, matando todos que cruzem seu caminho. E este é o primeiro inimigo (significante) na vida do poderoso Kenshin Himura, o temido Makoto Shishio. Sua batalha contra ele e seus planos não serão fáceis… muitos problemas ainda aguardam por Kenshin!

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